循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)難點是解決氮循環(huán)的問題，要消除氨氮和亞硝(xiao)酸氮的影響。環(huán)控公司的解決方案是在循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)中加入了反硝化反應池，但由于反硝化作用需要在嚴格厭氧條件下進行，因此硝化作用反應池需要跟反硝化作用反應池分開。目前循環(huán)水養(yǎng)殖設備已實現(xiàn)工廠化生產(chǎn)，做到了養(yǎng)殖池與養(yǎng)殖凈化設備的無縫連接。通過一系列的物理過濾、化學沉淀以及通過微生物的作用去除氨氮、硝氮和亞硝氮再通過殺菌消毒、充氧等操作，水體重新流回到循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)中，實現(xiàn)養(yǎng)殖水的循環(huán)利用。
在分解細菌的作用下，再進一步轉(zhuǎn)化成了氨。被魚類吃掉的一部分經(jīng)過魚類的消化，也轉(zhuǎn)變成氨。殊途同歸的氨在分子態(tài)時是一種劇毒物質(zhì)。在硝化細菌的作用下，它會被轉(zhuǎn)化成亞鹽。亞鹽是一種不太穩(wěn)定的物質(zhì)。在高氧化還原電位的情況下，會被氧化成亞鹽。此時如果有反硝化細菌，鹽就會被轉(zhuǎn)化成N2從水中溢出。這樣，水體中的氮元素就完成了一個完整的轉(zhuǎn)化分離過程。 在實踐中，生物過濾的細菌需要適宜的條件才能起到相應的作用。如水體的溫度、PH、溶氧量、合適的碳氧化、殺菌劑等。因此，不僅要求其他系統(tǒng)設備與生物過濾器配套，更對操作者有一定的技術(shù)要求。
廣州環(huán)控農(nóng)業(yè)生物科技有限公司針對改底這一種現(xiàn)象進行了大量的研究和試驗，發(fā)現(xiàn)流動的水體有助于池底的改善，再配合科學的喂養(yǎng)方式以及定期的池底清潔，能夠很好改善底部質(zhì)量，從而改善水體質(zhì)量。這種科學的養(yǎng)殖系統(tǒng)稱為循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)，循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)由多種循環(huán)水養(yǎng)殖設備構(gòu)成，這一整套循環(huán)水養(yǎng)殖設備就是改善養(yǎng)殖水體質(zhì)量的主要工具，適用于各種水產(chǎn)品種養(yǎng)殖。